L'UGBPA est administrée par les structures porteuses des PLIE :
La Maison de l'Emploi, de l'Insertion Economique et de l'Entreprise de Bordeaux
La Maison de l'Emploi de l'Agglomération Périgourdine
L'Agglomération d'Agen
Chaque membre siège au sein du Conseil d'Administration. Le Conseil d'Administration est l'instance de programmation des opérations, seule habilitée à attribuer une subvention du FSE et à conventionner avec les opérateurs.
La présidence est tournante entre les trois territoires.